Артистка вышла замуж за бизнесмена Александра Чистякова в 2006 году.
Супруги воспитывают двух дочерей – 15-летнюю Лидию и 11-летнюю Веру. Брак Натальи считается одним из самых крепких в российском шоу-бизнесе, однако, по словам звезды, ей пришлось столкнуться с проблемами. В течение первых полутора лет после замужества она испытывала странные эмоции. 36-летняя исполнительница хита «Танцуй, Россия!» скучала по прежней жизни. «Я думала, что сойду с ума. Я смотрела телевизор, а меня там нет… в тот момент я поняла, что без работы не смогу. Я сижу, у меня красивый дом, у меня родился прекрасный здоровый ребенок. Вроде бы я счастлива. Я вышла замуж за любимого человека», — разоткровенничалась Чистякова-Ионова.
Вскоре Наталья впала в депрессию и перестала выходить из дома. Александр испугался за состояние жены и предпринял жесткие меры. «Я поняла, что не могу расходовать свою энергию. У меня началась жуткая депрессия. Мне было очень тяжело восстановиться. Я помню момент, когда в комнату вошел Саша и раскрыл шторы со словами: «Вставай! Хочешь, иди в спортзал или что-то еще. Давай как-то восстанавливаться». А я еще была вся в прыщиках. У меня жуткое акне случилось. Меня накрыло нормально», — призналась звезда.
